Aunque hayamos instalado nuestro sistema en una partición o disco formateada con el sistema de archivos FAT o FAT32, en cualquier momento podremos convertirla a NTFS para ganar las funcionalidades de seguridad y compresión que este sistema de archivos ofrece.

Lo que tienes que hacer es abrir una ventana del intérprete de comandos y escribir el comando convert.exe X: /FS:NTFS.