Si tienes una unidad lógica en una partición extendida que ha sido formateada con NTFS, puedes eliminarla usando el Administrador de discos, siempre y cuando Windows NT no esté instalado en esa misma partición.

Si Windows NT reside en la misma partición, debes seguir estos pasos para eliminarla:

NOTA: Antes de eliminar esa partición, se debería de hacer una copia de seguridad de los datos de la misma, pues tras eliminarla, esos datos no estarán disponibles.

A- Hacer copia de seguridad de los datos que se quieran mantener de cualquier partición NTFS.
B- Usar el Administrador de discos para eliminar todas las unidades NTFS menos la unidad donde Windows NT está instalado. Si la unidad C es NTFS, se deberá recrear la partición como FAT.
C- Reiniciar el equipo con un disco de arranque de MS-DOS que tenga el fichero SYS.COM.
D- Desde la unidad A, teclear: SYS C:
E- Reiniciar el equipo con el disco de instalación de Windows NT y ejecutar la Instalación Personalizada. Si se tiene una unidad de CD-ROM, se tendrá la posibilidad de elegir entre instalar desde el CD o desde los disquetes de 3,5" en la unidad A.
F- Si el programa de Instalación encuentra una copia de Windows NT para actualizar, presionar N para hacer que Windows NT no actualices la copia existente.
G- Presionar ENTER después de confirmar que la lista de Hardware coincide con el Hardware que se está usando.

- Si el programa de Instalación encuentra una copia de Windows, presiona N para que Windows NT no se instale en el directorio Windows.
- Aparecerá entonces la ventana con la información de las particiones. En esa pantalla, se tendrá la opción de borrar la partición NTFS. Debes seleccionar la partición NTFS que quieres borrar con las flechas de desplazamiento de arriba y abajo.
- Presionar D para borrar la partición.
- Presionar L para confirmar la operación de borrado.
- Volverás entonces a la ventana de información de las particiones. Debes seleccionar el espacio no "particionado" o formateado mediante las flechas de desplazamiento arriba y abajo y presionar ENTER para que Windows NT se instale en esa partición.
- Seleccionar el formato FAT para la partición y presionar ENTER.

Cuando se haya terminado de formatear como FAT, el programa de Instalación preguntará por una ruta de destino para instalar Windows NT. Si quieres mantener Windows NT, tienes que cambiar la ruta de destino o aceptar la que sale por defecto y terminar la Instalación. Si quieres volver a MS-DOS, presiona la tecla F3 dos veces para salir de la Instalación. Quitar cualquier
disco de la unidad A y presionar ENTER para reiniciar el sistema.

NOTA: Para volver a MS-DOS como Sistema Operativo principal, la unidad C debe estar formateada como FAT. Si no se quiere volver a MS-DOS, los pasos C y D se pueden evitar. Si sólo se quiere cambiar el sistema de archivos de la unidad lógica donde Windows NT está instalado a FAT, se pueden evitar el paso B para cualquier unidad NTFS que se quiera mantener y los pasos C y D.